Detección de QTLs de importancia económica y análisis de genes candidatos en poblaciones porcinas comerciales españolas

Abstract

El presente estudio se desarrolló bajo el marco del proyecto europeo PigQTech cuyo<br/>objetivo es investigar si QTLs de importancia económica en la industria productora<br/>porcina, previamente descritos en cruces de razas divergentes, se encuentran<br/>segregando en poblaciones comerciales. En el presente estudio se analizaron dos<br/>poblaciones porcinas de tipo comercial Pietrain y Large White, donde fue analizada la<br/>presencia de QTLs, búsqueda y análisis de genes candidatos. La búsqueda de QTLs se<br/>efectuó mediante el análisis de la segregación alelica de microsatélites y su relación con<br/>los caracteres productivos medidos. Se analizaron 10 regiones de los cromosomas 1, 2,<br/>3, 4, 6, 7, 8, 9, 10, 13, tres de las cuales fueron utilizadas como regiones control (1, 6, 9)<br/>por no haber QTLs descritos previamente en ellas. Los resultados muestran segregación<br/>de QTLs para los cromosomas 2, 3, 4, 7 y para las regiones control 1 y 9 en la población<br/>Large White, mientras en la población Pietrain se detectaron QTL en los cromosomas 7<br/>y 8. En resumen, se observó que los QTLs descritos en cruces de razas divergentes están<br/>presentes en poblaciones comerciales, sin embargo no segregan por igual entre las<br/>distintas poblaciones.<br/>Adicionalmente se realizó un estudio de asociación de los genes candidatos H-FABP,<br/>receptor de leptina (LEPR) y la piruvato carboxilasa (PC). El gen H-FABP reveló la<br/>existencia de asociación entre los distintos genotipos para los caracteres de grasa dorsal,<br/>longitud de canal y pH, sin embargo estas asociaciones no se presentan por igual en las<br/>distintas poblaciones. El análisis de asociación del gen receptor de leptina reveló la<br/>existencia de asociación entre sus distintos genotipos con un menor pH a las 24 horas<br/>postmortem, sin embargo esta asociación se presentó solo en la población Large White.<br/>La secuenciación del cDNA del gen de la piruvato carboxilasa reveló una alta similitud<br/>nucleotídica con la de otras especies de mamíferos, y que además es polimórfica. Así<br/>mismo el mapeo mediante el panel de células somáticas híbridas irradiadas reveló que el<br/>gen de la PC está localizado en el cromosoma 2 en el brazo p entre los microsatélites SW2623 (9.8 cM) y el SW256 (19 cM).

The present study was developped under the framework of the European PigQTech<br/>project, whose objective was to investigate the segregation of economically important<br/>QTLs previously described in divergent pig crosses in commercial populations. In the<br/>present study, we analysed the segregation of QTL and candidate genes in Pietrain and<br/>Large White. The search of QTLs was made by the analysis of the microsatellite allelic<br/>segregation and its influence on the recorded commercial traits. Ten regions on<br/>chromosomes 1, 2, 3, 4, 6, 7, 8, 9, 10 and 13 were analysed. As not QTL had been<br/>previously described in the regions located in chromosomes 1, 6 and 9, we used these<br/>segments as control regions. In Large White, results showed segregation of QTLs in<br/>chromosomes 2, 3, 4 and 7 as well as in the Ssc1 and Ssc9 control regions. The analysis<br/>in Pietrain indicated the presence of QTL in chromosomes 7 and 8. In summary, we<br/>observed that QTLs described in experimental pig crosses are also present in<br/>commercial breeds. However these QTLs do not show the same segregation pattern<br/>among different populations.<br/>Additionally, we carried out an association analysis of the heart fatty acid binding<br/>protein (H-FABP), leptin receptor (LEPR) and pyruvate carboxylase (PC) candidate<br/>genes. The association analysis between H-FABP and the recorded traits, revealed the<br/>influence of this gene on back fat thickness, carcass length and pH in some of our<br/>populations. Influence of LEPR on the pH at 24 hours postmortem was detected in<br/>Large White. The analysis of the nucleotidic sequence of the PC cDNA, revealed both a<br/>high similarity between other mammal species, and the existence of sequence<br/>polymorphism in our populations. Furthermore, we allocated PC in the short arm of<br/>chromosome 2 (2p), between the markers SW2623 (9.8 cM) and SW256 (19 cM) in an<br/>RH panel.