Implementació i desenvolupament d'estudis funcionals per demostrar la patogenicitat de variants de significat incert i identificar nous gens causants de malaltia

dc.contributor
Universitat de Barcelona. Facultat de Biologia
dc.contributor.author
Muñoz Pujol, Gerard
dc.date.accessioned
2023-12-20T07:27:11Z
dc.date.available
2024-05-23T22:05:14Z
dc.date.issued
2023-11-23
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/689592
dc.description
Programa de Doctorat en Biomedicina
ca
dc.description.abstract
[cat] Les malalties metabòliques hereditàries (MMH) són un grup de patologies amb una gran heterogeneïtat clínica, bioquímica i genètica. Actualment se n’han descrit més de 1 800. En l’última dècada la implementació de les tècniques de seqüenciació massiva (seqüenciació de l’exoma complet, WES i seqüenciació del genoma complet, WGS) ha permès identificar la causa genètica de la malaltia en un gran nombre de pacients i descobrir un nombre important de nous gens associats a patologia. Malgrat això, aproximadament la meitat dels pacients roman sense rebre un diagnòstic genètic definitiu. Això es deu, en part, a limitacions tècniques pel que fa a la detecció i priorització de variants candidates, així com a l gran nombre de variants de significat incert (VUS) que s’identifiquen. Per aquests motius cal desenvolupar aproximacions addicionals que ajudin a prioritzar i interpretar l’impacte funcional de les variants identificades per poder-ne determinar la seva patogenicitat. En el context d’aquesta tesi doctoral, hem aplicat una estratègia multiòmica, basada en la combinació de WES/WGS amb la seqüenciació de l’RNA (RNA seq)seq), en una cohort de 65 pacients amb sospita de MMH. L’estratègia utilitzada ha permès orientar el diagnòstic i identificar gens causants de malaltia en un gran nombre de pacients. No obstant això, en molts casos s’ha requerit la realització d’estudis funcionals , la contribució dels quals ha estat essencial per demostrar l’impacte de les variants prioritzades i assolir un diagnòstic genètic definitiu. En concret, la tesi doctoral inclou cinc publicacions originals , quatre de les quals es centr en la caracterització funcional de noves variants genètiques en quatre gens implicats en funcions molt diverses : CCDC186 , PEX1 , PTCD3 i TFRC . En el primer treball hem identificat tres pacients amb variants en CCDC186 i confirmem que aquestes s’associen a un trastorn que presenta una característica combinació d’alteracions endocrines i del sistema nerviós central. En el segon article hem aplicat la combinació de WES, RNA seq i estudis funcionals per acabar amb l’odissea diagnòstica de més 30 anys en una pacient amb deficiència de PEX1 . En el tercer treball hem descrit tres pacients amb variants en PTCD3 , que codifica per una proteïna associada al ribosoma mitocondrial , la disfunció de la qual provoca un trastorn del metabolisme energètic mitocondrial. A més, hem consolidat que les variants en aquest gen s’associen amb l a síndrome de Leigh. En el quart treball hem descrit per primer cop que diferents variants en TFRC poden associar-se a diverses presentacions clíniques: immunodeficiència combinada, anèmia microcítica o cardiomiopatia hipertròfica. Estudis funcionals realitzats en models cel·lulars modificats genèticament mitjançant CRISPR/Cas9 han ampliat les bases fisiopatològiques de la deficiència de TFRC , tot mostrant que, en diferent mesura, les variants identificades en els pacients afecten la viabilitat cel·lular, l a regulació de l’autofàgia i l’homeòstasi del ferro i provoquen una alteració generalitzada de la funció mitocondrial. La cinquena publicació ha consistit en el desenvolupament d’un flux de treball basat en el sistema d’edició genètica CRISPR/Cas9 en cèl·lules HAP1 . L’estratègia proposada permet introduir les variants genètiques identificades en pacients i generar models cel·lulars models cel·lulars knockin per tal d’investigar les seves conseqüències funcionals. . En conclusió, aquesta tesi doctoral emfatitza la importància d’implementar els estudis de validació funcional, així com altres aproximacions òmiques més enllà del WES/WGS al flux diagnòstic de les malalties minoritàries. En aquest sentit, la incorporació de l’RNAl’RNA-seq ha contribuït de forma important al diagnòstic gràcies a la identificació de variants causants de patologia no prioritzades pel WES, així com generant evidències funcionals de l’impacte d’aquelles variants que afecten generant el processament del mRNA.. A més, els estudis funcionals realitzats en material biològic dels pacients o en models cel·lulars modificats genèticament han contribuït en avaluar l’impacte de les variants identificades, tot ajudant a dirigir el diagnòstic i en alguns casos a la presa de decisions decisions clíniques.
ca
dc.format.extent
292 p.
ca
dc.language.iso
cat
ca
dc.publisher
Universitat de Barcelona
dc.rights.license
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
ca
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Genètica mèdica
ca
dc.subject
Genética médica
ca
dc.subject
Medical genetics
ca
dc.subject
Bioquímica clínica
ca
dc.subject
Clinical biochemistry
ca
dc.subject
Malalties rares
ca
dc.subject
Enfermedades raras
ca
dc.subject
Rare diseases
ca
dc.subject
Enginyeria genètica
ca
dc.subject
Ingeniería genética
ca
dc.subject
Genetic engineering
ca
dc.subject.other
Ciències Experimentals i Matemàtiques
ca
dc.title
Implementació i desenvolupament d'estudis funcionals per demostrar la patogenicitat de variants de significat incert i identificar nous gens causants de malaltia
ca
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
575
ca
dc.contributor.director
Ribes, Antònia
dc.contributor.director
Tort, Frederic
dc.contributor.tutor
Zorzano Olarte, Antonio
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess


Documents

GMP_TESI.pdf

53.45Mb PDF

This item appears in the following Collection(s)