Nucleosome dynamics and analysis in breast cancer cells

Abstract

Genome-wide analysis of the nucleosome positioning and histone H1 isoform content of the T47D breast cancer cell line has found a number of observations, namely that with a gentle digestion of microccocal nuclease (MNase), a nucleosome is visible just upstream of the transcription start site, in the region known as the “nucleosome-free region” (NFR). H1 isoforms bind to chromatin mainly in a redundant manner, but H1.2 and H1.3 show some specificity while H1.5 increases its binding dramatically after a progesterone stimulus. In the course of these studies, a general-purpose software package was developed for the manipulation and analysis of bigWig files, a data format for storing continuous signal data assigned to genome coordinates

En el meu estudi genòmic sobre el posicionament de nucleosomes i sobre elcontingut de les isoformes de la histona H1 en cèl•lules de càncer de mama T47D he dut a terme una sèrie d'observacions. Específicament he trobat que amb una digestió suau amb nucleasa micrococcal, es pot identificar un nucleosoma just abans del lloc d'inici de transcripció, en la regió coneguda com a "regió lliure de nucleosomes". També he vist que les diferents isoformes somàtiques de la histona H1 (H1.0-H1.5, H1x) s'uneixen a la cromatina de manera redundant, però que la H1.2 i la H1.3 presenten certa especificitat, mentre que la H1.5 mostra un augment de la unió generalitzat després d'estimular les cèl•lules amb progesterona. En el decurs de la meva recerca, he desenvolupat un programari general per la manipulació i l'anàlisi d'arxius amb format bigWig, un format per a l'emmagetzematge de dades de senyals continus al llarg de les coordenades del genoma.