Structure-activity investigation on laccases by computational and site directed mutagenesis studies

dc.contributor
Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Enginyeria Agroalimentària i Biotecnologia
dc.contributor.author
Delavari, Azar
dc.date.accessioned
2017-07-10T12:04:53Z
dc.date.available
2017-07-10T12:04:53Z
dc.date.issued
2016-12-01
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/404452
dc.description.abstract
Laccases belong to multi copper oxidase enzyme family (EC 1.10.3.2). Their capacity to oxidíze a wide range of substrates makes them very attractive for the industry and are growing in importance for environmentally-friendly synthesis. Laccases have three different copper sites including, type 1 (T1), type 2 (T2) and type 3 (T3). The function of the T1 site is shuttling electrons from the substrate to the trinuclear copper cluster. During the catalytic cycle of laccase, four electrons are removed from four substrate molecules, which are finally transferred to reduce oxygen to two water molecules .Comparison of the kinetic parameters using several laccases and several substrates reveals that the reaction rate of laccase correlates with the redox potential difference between the T1 copper and the substrate. In recent years, the demonstrated potential of laccases in a range of applications has motivated the progress of laccase engineering efforts. Computational simulations can reveal targets for protein engineering to be explored by site-directed mutagenesis (or semi-rational approaches). In this work we used computational methods for studying interaction of different substrates with laccases and structural activity of the enzyme. The goal of the present study was to characterize the laccase binding pocket of fungal and bacterial laccases in order to establish their common pharmacophoríc characteristics. For this purpose, we first performed molecular docking studies to identify those residues involved in the interaction with diverse substrates. Our results indicate that bacterial laccase {1UVW) has less hydrophobic and aromatic residues in the activity site in comparison to other fugal structures of this study, as a result, find a pose that interacts with residues needs more energy. Subsequently, we evaluated the effect of protonation state of a conserved residue in fungal laccase, Asp/Glu, through molecular dynamics simulation. In a subsequent step, we applied QMMM-2QM-MD approach for one of the fungal laccase structure (3FU8) for calculating redox potential value. The result indicates that the difference in redox potentials changes from 7-17 to 74-92 kJ/mol if the redox state of T1Cu and DMP in the other subunit change and we correctly predict that CuT1ox/DMPred state is more stable than the CuT1red/DMPox state. After the insight gathered from computational studies we started site directed mutagenesis studies on two residues of the binding pocket in order to find their effect on the redox potential value. We made a combinatorial library for position 192 and 296 in MtlL T2. The clone contained A192P and L296W (3H12) mutation and clone contained A192P and 296L {19G8) showed activity with violuríc acid 1.23 and 1.33 fold higher than parental type, respectively. Moreover, the clone contained A192R and L296W (15H11) and clone with mutation A192R and L296L {5B4) showed higher activity with molybdenum compound in comparison to parental type. After experimental characterization of the 19G8 and 5B4 mutants, we studied the structural changes produced in the binding pocket. For this purpose we generated a three-dimensional structure of the two mutants using M.albomices laccase as template by homology modelling. Whereas the former mutant exhibits a similar binding pocket to the template, the latter appears to be smaller. In any case, subsequent docking studies did not show any differential behaviour and ligands could bind to both binding pockets in a similar way. Finally, we calculated the redox potential of the mutant A296L MaL that is similar to the former mutant, yielding a value of 167 kJ/mol. This is higher than the value obtained for MalL supporting the effect of this mutation on the redox potential.
en_US
dc.description.abstract
Las lacasas pertenecen a la familia de enzimas multícobre oxidadas (EC 1.10.3.2). Su capacidad de oxidar una amplia gama de sustratos las hace muy atractivas para la industria y su utilización está creciendo en importancia para la síntesis respetuosa del medio ambiente. Las lacasas tienen tres tipos diferentes de cobre: tipo 1 (T1), Tipo 2 (T2) y típo 3 (T3). La función del sitio de T1 es la de transportar electrones desde el sustrato al clúster de cobre trinuclear. Durante el ciclo catalítico de la lacasa, cuatro electrones son transferidos desde cuatro moléculas de sustrato para reducir oxígeno a dos moléculas de agua. La comparación de los parámetros cinéticos utilizando varias lacasas y varios sustratos revela que la velocidad de reacción de la lacasa se correlaciona con la diferencia de potencial redox entre el cobre T1 y el sustrato. En los últimos años, el potencial demostrado por las lacasas en una gama de aplicaciones ha motivado el progreso en la ingeniería de lacasas. Las simulaciones computacionales pueden revelar residuos clave que pueden ser cambiados por mutagénesís dirigida (o enfoques semi-racionales). En este trabajo se han utilizado métodos computacionales para el estudio de la interacción de diferentes sustratos con lacasas y ver su efecto sobre la actividad. El objetivo del presente estudio fue caracterizar la unión de lacasa bolsillo de lacasas fúngícas y bacterianas con el fin de establecer sus características farmacofórícas comunes. Para este propósito, hemos realizado estudios de anclaje moleculares para identificar aquellos residuos que participan en la interacción con diversos substratos. Nuestros resultados indican que la lacasa bacteriana (1UVN) tiene un número menor de residuos hidrófobos y aromáticos que las estructuras fúngicas, como consecuencia la unión no es tan fuerte. Posteriormente, se evaluó el efecto del estado de protonación de un residuo Asp / Glu conservado en lacasas fúngicas a través de dinámica molecular. En una etapa posterior, se aplicó enfoque QMMM-2QM-MD para uno de la estructura lacasa fúngica (3FU8) para calcular el valor potencial redox. El resultado índica que la diferencia en los potenciales redox cambios 7-17 a 74-92 kJ/mol sí el estado redox de T1Cu y DMP en la otra subunidad cambio y correctamente predecir qué estado CuT1ox / DMPred es más estable que el CuT1red / estado DMPox. Después de los estudios computacionales se llevó a cabo un estudio de mutagénesis dirigida sobre dos residuos del bolsillo de unión, con el fin de encontrar su efecto sobre el valor potencial redox. Con este objetivo se llevó a cabo una biblioteca combinatoria para la posición 192 y 296 en MtL T2. El clan contenía A192P y L296W (3H 12) y el clan contenía la mutación A192P y L296L (19G8) mostraron una actividad con ácido violurico 1,23 y 1,33 veces mayor que la de tipo parental, respectivamente. Por otra parte, el clon contenía A192R y L296W (15h11) y el clon con A192R mutación y L296L (5B4) mostraron una mayor actividad con el compuesto de molibdeno en comparación con el tipo parental. Después de la caracterización experimental de los mutantes 19G8 y 5B4, estudiamos los cambios estructurales que se producen en el bolsillo de unión. Con este fin generamos una estructura tridimensional de los dos mutantes utilizando la lacasa de M.albomices como plantilla, por medio de la modelización por homología. Mientras que el primer mutante exhibe un bolsillo de unión similar al de la plantilla, éste es más pequeño en el segundo mutante. En cualquier caso, los estudios de anclaje molecular posteriores no mostraron ningún comportamiento diferencial y los ligandos podrían unirse a los dos bolsillos de unión de una manera similar. Finalmente, se calculó el potencial redox de la mutante A296L MaL que es similar al mutante 19G8, obteniéndose un valor de 167 kJ/mol. Este valor es más alto que el obtenido para MaL, apoyando el efecto que tiene esta mutacíón sobre el potencial redox.
en_US
dc.format.extent
137 p.
en_US
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
en_US
dc.publisher
Universitat Politècnica de Catalunya
dc.rights.license
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject.other
Àrees temàtiques de la UPC::Enginyeria agroalimentària
en_US
dc.title
Structure-activity investigation on laccases by computational and site directed mutagenesis studies
en_US
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
577
en_US
dc.subject.udc
663/664
en_US
dc.contributor.director
Pérez González, Juan Jesús
dc.embargo.terms
cap
en_US
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess


Documents

TAD1de1.pdf

2.721Mb PDF

Aquest element apareix en la col·lecció o col·leccions següent(s)