Universitat Pompeu Fabra
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
RNA is a molecule that is released by the different tissues into the circulation. When it is found in the circulation it is called cell-free RNA (cfRNA). This type of molecule has great potential as a noninvasive biomarker as it can be found in plasma and can be applied to multiple diseases. Here we have shown that using cfRNA and circulating miRNAs with RNA-seq and machine learning we can obtain diagnostic signatures for two different diseases: pediatric cerebellar atrophy and colorectal cancer. Moreover, we have optimized the plasma cfRNA processing protocol so it could be used for future biomarker discovery studies. This study has paved the way for future research using cfRNA, as we have standardized and optimized all of the steps of the plasma cfRNA processing pipeline as well as implemented multiple quality control steps to ensure the optimal quality of the samples.
L'ARN és una molècula que s’allibera a la circulació per múltiples teixits. Quan es troba a la circulació s'anomena ARN lliure de cèl·lules (cfRNA). Aquest tipus de molècula té un gran potencial com a biomarcador no invasiu, ja que es pot trobar al plasma i es pot aplicar a múltiples malalties. En aquest estudi hem demostrat que utilitzant cfRNA i miRNAs circulants amb RNA-seq i aprenentatge automàtic podem obtenir firmes diagnòstiques per a dues malalties diferents: atròfia cerebel·losa pediàtrica i càncer colorectal. A més, hem optimitzat el protocol de processament de cfRNA de plasma perquè es pugui utilitzar per a futurs estudis de descobriment de biomarcadors. Aquest estudi ha obert el camí per a futures investigacions amb cfRNA, ja que hem estandarditzat i optimitzat tots els passos del processament de cfRNA de plasma i hem implementat múltiples passos de control de qualitat per garantir la òptima qualitat de les mostres.
Biòpsia líquida; ARN lliure de cèl·lules; Aprenentatge automàtic; Tecnologies de seqüenciació massiva; Firma d’expressió gènica; Liquid biopsy; Cell-free RNA; Machine learning; Next-generation sequencing; Gene expression signatures
577 - Material bases of life. Biochemistry. Molecular biology. Biophysics
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
