Design of bioinformatic tools for integrative analysis of microRNA-mRNA interactome applied to digestive cancers

Abstract

En esta tesis se han desarrollado e implementado distintas herramientas bioinformáticas que permiten el estudio de las interacciones miRNA-mRNA en contextos celulares específicos. oncretamente se ha creado un paquete de R (miRComb) que calcula las interacciones miRNA-mRNA partiendo de expresión de miRNAs y mRNAs, y predicciones bloinformáticas de bases de datos preexistentes. Las interacciones miRNA-mRNA finales son aquellas que muestran una correlación negativa y han estado predichas por al meno una base de datos. Como valor añadido, el paquete miRComb realiza un resumen en pdf con los resultados básicos del análisis (número de interacciones, número de mRNAs target por miRNA, análisis funcional, etc.), que permite comparar los datos de distintos estudios. Hemos aplicado esta metodología en el contexto de cánceres digestivos. En un primer estudio hemos utilizado datos públicos de 5 cánceres digestivos (colon, recto, esófago, stómago e hígado) y hemos determinado las interacciones miRNA-mRNA comunes entre ellos y específicas de cada uno. En un segundo estudio, hemos utilizado la misma metodología para analizar datos de IRNA-mRNA en biopsias de pacientes del Hospital Clínic de Barcelona con cáncer de páncreas. En este estudio hemos descrito interacciones miRNA-mRNA en el contexto de cáncer pancreático y hemos podido validar dos de ellas a nivel experimental. En resumen, podemos concluir que el paquete miRComb es una herramienta útil para el estudio del interactoma de miRNA-mRNA, y que ha servido para establecer hipótesis biológicas que luego se han podido comprobar en el laboratorio.