Taxonomic study of clinical and environmental isolates of arthroconidial, acremonium-like and ochroconis-like fungi

Abstract

En aquets tesis es vol enfocar en l'estudi dels géneres fúngics Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium i Verruconis. Alguns d'ells són ocasionalment aïllats de mostres clíbiques, encara què, l'espectre real de les seves espècies en l'area clínica es poc coneguda, sumant-li la seva difícil identificació i complexa taxonomia. Es van estudiar un total de 248 aïllats, 131 obtingust de mostres clíniques o de sòls i 117 corresponents a soques tipus o de referència de col.leccions internacionals de cultius. La caracterizació fenotípica dels aïllats es va realitzar a traves de l'observació de les seves característiques macroscópiques i microscópiques. La identificació molecular, mitjacant la seqüenciació de les regions ribosomals ITS i LSU. Per obtenir una millor resolució filogenética entre algunes espècies, es van seqüenciar regions parcials d'altres gens (actina, tubulina, factor de elongació, RNA polimerasa i quitina sintasa). L'activitat in vitro d'alguns antifúngics va a ser evaluata front a espècies de Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis i Scytalidium. Apart de les espècies comunment conegudes com a patògens oportunistes A. kalrae i V. gallopava, altres espècies no conegudas previament a partir de mostres clíniques vàren ser identificades (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum i Ochroconis cordanae). Incluint les noves espècies descrites aquí: Acremonium dimorphosporum, A. moniliforme, Arthrographis chlamydospora, A.

pseudostrictum i S. subulatum. Adicionalment, quatre géneres nous, Acremoniopsis, Brunneomyces, Cervusimilis i Collarina i 16 nous taxons, Acremoniopsis suttonii, Acremonium asperulatum, A. citrinum, A: parvum, A: pilosum, A. variecolor, Brunneomyces brunnescens, B. hominis, B. europaeus, Cervusimilis alba, Collarina aurantiaca, Ochroconis icarus, Sarocladium gamsii, S. implicatum, S. summerbellii i S. terricola, vàren ser descrits de mostres de diferents origens. En general, les proves de sensibilitat antifúngica mostrar que la terbinafina va ser la droga més activa davant les espècies avaluades, excepte per S. cuboideum, on el posaconazol va a mostrar la millor activitat En esta tesis nos enfocamos en el estudio de los géneros fúngicos Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium y Verruconis. Algunos de ellos son ocasionalmente aislados de muestras clínicas, sin embargo, el espectro real de sus especies en el área clínica es poco conocido, sumado a su difícil identificación y compleja taxonomía. Se estudiaron un total de 248 aislados, 131 obtenidos de muestras clínicas o de suelos y 117 correspondientes a cepas tipo o de referencia de colecciones internacionales de cultivos. La caracterización fenotípica de los aislados se realizó a través de la observación de sus características macroscópicas y microscópicas, y la identificación molecular, mediante la secuencación de las regiones ribosomales ITS y LSU. Para obtener una mejor resolución filogenética entre algunas especies, se secuenciaron regiones parciales de otros genes (actina, tubulina, factor de elongación, RNA polimerasa II y quitina sintasa). La actividad in vitro de varios antifúngicos fue evaluada frente a especies de Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis y Scytalidium. Aparte de las especies comunmente reportadas como patógenos oportunistas, Arthrographis kalrae y Verruconis gallopava, otras especies no reportadas previamente a partir de muestras clínicas fueron identificadas (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum y Ochroconis cordanae), incluyendo las nuevas especies descritas aquí:

Ochroconis olivacea, O. ramosa, Sarocladium bifurcatum, S. hominis, S. pseudostrictum y S. subulatum. Adicionalmente, cuatro géneros nuevos, Acremoniopsis, Brunneomyces, Cervusimilis y Collarina, y 16 nuevos taxones, Acremoniopsis suttonii, Acremonium asperulatum, A. citrinum, A. parvum, A. pilosum, A: variecolor, Brunneomyces brunnescens, B. hominis, B. europaeus, Cervusimilis alba, Collarina aurantiaca, Ochroconis icarus, Sarocladium gamsii, S. implicatum, S. sumerbellii y S. terricola, fueron descritos de muestras de diversos orígenes. En general, las pruebas de sensibilidad antifúngica revelaron que la terbinafina fué la droga más activa frente a las especies evaluadas, excepto para S. cuboideum, donde el posaconazol mostró la mejor actividad. In this thesis, we have studied the fungal genera Acremonium, Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis, Sarocladium, Scytalidium and Verruconis. Some of them are occasionally recovered from clinical specimens, but the real spectrum of their species in the clinical setting is poorly known. Furthermore, the scarce morphological differentiation of their species make difficult their identification and taxonomy. A total of 248 isolates were studied. 131 obtained from clinical or soil samples and 117 corresponding to type or reference strains from international culture collections. Phenotypical characterization was performed by the observation of their macroscopic and microscopic features in artificial media. Molecular identification was assessed by sequencing of two ribosomal regions (ITS and partial LSU). To obtain deeper phylogenetic resolution of some species, fragments of different loci were also used (actin, tubulin, translation elongation factor, RNA polymerase II and chitin syntase). The in vitro activity of several antifungal drugs was evaluated against Arthrographis, Arthropsis, Ochroconis and Scytalidium species. Apart from the commonly reported opportunistic species Arthrographis kalrae and Verruconis gallopava, other species never associated before to clinical specimens were identified (Arthropsis hispanica, Sarocladium terricola, Scytalidium cuboideum, Ochroconis