Microbiota intestinal y colitis ulcerosa, abordaje metagenómico

Abstract

Se han evidenciado cambios en la composición de la microbiota fecal en pacientes con CU en actividad frente a sanos, pero no queda claramente establecido si los cambios disbióticos son secundarios a la enfermedad o por el contrario pueden jugar cierto papel en la fisiopatología de la inflamación intestinal. La literatura es controvertida con respecto a si estos cambios se mantienen en períodos de remisión de la enfermedad. La primera parte de esta tesis trata de establecer si los cambios disbióticos desaparecen durante los periodos de remisión y la estabilidad de la microbiota se restituye completamente. Para ello se estudia una población de sujetos incluidos en el estudio METAHIT, compuesto por pacientes con colitis ulcerosa en remisión con alta tasa de brotes, baja tasa de brotes, familiares emparentados y voluntarios sanos. Bajo la hipótesis de que en la colitis ulcerosa hay una disbiosis intestinal permanente que puede demostrarse durante los periodos de remisión de la enfermedad, comparamos la composición de la microbiota fecal de pacientes con CU en remisión con la de personas sanas empleando técnicas de secuenciación de alto rendimiento. Apreciamos que existe una gradación en cuanto a riqueza genética entre pacientes con CU en remisión, familiares emparentados y voluntarios sanos. La segunda parte de esta tesis, trata de establecer si los cambios que tienen lugar en la microbiota de pacientes con colitis ulcerosa, se deben a un mayor tránsito colónico (efecto de lavado por aceleración del tránsito intestinal). Para ello se analiza si la preparación de limpieza colónica con PEG produce cambios permanentes en la composición de la microbiota intestinal de individuos sanos y pacientes con colitis ulcerosa en remisión mediante la aplicación de técnicas de secuenciación del gen 16S rRNA. Los resultados indican que tras la administración del PEG se produce una pérdida en la diversidad de la microbiota que tiende a recuperarse a los 2 meses.

There have been described changes in fecal microbiota composition in patients with UC with inflammatory activity versus healthy individual, but it is not clear whether the dysbiotic changes are secondary to the disease itself or, on the contrary, may play a role in the pathophysiology of intestinal inflammation. The literature is controversial as to whether these changes are maintained during remission periods. The first part of this thesis tries to establish whether the dysbiotic changes disappear during the remission periods and the stability of the microbiota is completely restored. For this purpose, a population of subjects included in the METAHIT study, composed with patients with ulcerative colitis in remission with high outbreak rate, low outbreak rate, related relatives and healthy volunteers are studied. Under the hypothesis that ulcerative colitis has permanent intestinal dysbiosis changes that can be demonstrated during periods of remission, we compare the fecal microbiota composition of UC patients in remission with that of healthy individuals using high throughput sequencing techniques. We appreciate that there is a gradation in bacterial gene count among patients with CU in remission, related relatives and healthy volunteers. The second part of this thesis, tries to establish if the fecal dysbiosis are due to a greater colonic transit. To this purpose, it is analyzed whether the colonic cleansing with PEG induces permanent changes in the composition of the intestinal microbiota of healthy individuals and patients with ulcerative colitis in remission, through the application of 16S rRNA gene sequencing techniques. The results indicate that after the administration of the PEG there is a loss in the diversity of the microbiota that tends to recover at 2 months.