Untangling lineages: population genetics and phylogenomics of Auxis Rochei and Euthynnus Alletteratus

Abstract

ENG- The Little Tunny (Euthynnus alletteratus) and the Bullet Tuna (Auxis rochei) are two fish species within the tuna family that are closely related to larger tunas. Although they have a lower market value, thousands of tonnes of these species are captured each year, making the study of their populations essential for ensuring sustainable exploitation. Genetic tools play a vital role in this research by allowing us to examine genetic diversity, assess its distribution across their geographic ranges and trough time, and identify distinct populations. Additionally, molecular methods can validate the correct identification of captured species. This thesis investigates these aspects for both species, focusing on population differentiation, the levels of genetic diversity, and the accuracy of visual species identification through genetic assignment. Given their evolutionary relationship and similar ecological behaviours, this thesis also aimed to compare the dynamics between species. This study both classical genetic markers and high-throughput sequencing techniques have been analysed. For the Little Tunny, results revealed significant genetic differences between individuals in the North Atlantic and those in the tropical Atlantic, indicating that they may represent two distinct species. Within each species, we observed shallower genetic differences among localities, suggesting the presence of multiple populations. Regarding the Bullet Tuna, we identified two populations in the Mediterranean Sea: one around the Iberian Peninsula and another in North Africa. Notably, our study revealed that some captures of Mediterranean Bullet Tuna were actually Frigate Tuna, a closely related species previously believed to be absent from the region. The results of this thesis should guide the implementation of fishery management policies that ensure sustainable fisheries. These practices include accurate capture and stock identification. Recognizing the two Little Tunny species as separate fishery stocks is the most urgent policy that should be implemented by the relevant agency

CAT- La bacoreta (Euthynnus alletteratus) i la melva (Auxis rochei) són dues espècies de peixos que pertanyen al grup dels petits túnids. Espècies molt properes en termes evolutius a les tonyines. Com elles, també són explotades com a recurs pesquer i, tot i que tenen un valor de mercat més baix, cada any tenen unes captures molt elevades. Per això, l’estudi i seguiment de les seves poblacions és essencial per tal de garantir una explotació sostenible. En aquest sentit, les eines genètiques juguen un paper fonamental, ja que permeten estudiar la diversitat genètica, determinar si aquesta es distribueix de manera diferencial en l’espai (i el temps) i, per tant, saber si existeixen poblacions genèticament diferenciades. A més, els mètodes moleculars també permeten validar que l’espècie capturada sigui realment l’espècie objectiu. En aquesta tesi s’ha estudiat aquests aspectes per ambdues espècies, investigant si hi havia més d’una població en cadascuna d’elles, quina era la diversitat genètica de les seves poblacions i si l’assignació visual de les espècies coincidia amb la informació genètica. A més, donat que són dues espècies molt properes evolutivament i amb comportaments ecològicament similars, també s’han comparat les seves dinàmiques poblacionals. L’estudi s’ha realitzat tant amb marcadors genètics clàssics com amb tècniques de seqüenciació massiva. Pel que fa a la bacoreta, els resultats han mostrat que les diferències genètiques entre els individus del nord de l’Atlàntic i els del tròpic són tan elevades que, en realitat, podrien correspondre a dues espècies separades. A més, hem observat que també hi ha diferenciació genètica entre les diferents localitats estudiades, indicant l’existència de poblacions diferents dins de cadascuna de les dues possibles espècies. En relació amb la melva, hem identificat dues poblacions dins del Mediterrani, separant els individus al voltant de la península Ibèrica dels del nord d’Àfrica. Els nostres estudis també han revelat que part de les captures de melva al Mediterrani són en realitat de melva llisa, una espècie propera que es pensava absent de la regió. Els resultats obtinguts en aquesta tesi haurien de servir per implementar mesures de gestió de les pesqueries que garanteixin la sostenibilitat per a les espècies estudiades, incloent el correcte reconeixement de les captures i dels estocs. El reconeixement d’aquestes dues espècies de bacoreta com a estocs pesquers diferents és la mesura més urgent que s’ha d’implementar per part de l’organisme responsable de la seva conservació