Anàlisi mutacional i estudi d'associació del gen receptor domini discoidina 1 (ddr1) en l'esquizofrènia.

Abstract

Aquest treball té com a objectiu l'anàlisi de l'associació de variants genètiques en el gen receptor domini discoidina 1 (DDR1) en l'esquizofrènia i de les eines necessàries per la identificació i genotipació d'SNPs.<br/>En el primer estudi, es va realitzar una anàlisi mutacional per seqüenciació de pools de mostres de DNA de malalts d'esquizofrènia de les regions exòniques i exó-intró de DDR1. Es van identificar 17 variants: 16 SNPs i una deleció de 2 pb.<br/>En el segon estudi, es va dur a terme un estudi d'associació d'haplotips i de desequilibri de lligament (LD) per anàlisi de 5 SNPs en la regió de DDR1 en una mostra de 297 pacients i 298 controls d'origen espanyol. Es van detectar diferències significatives en la distribució d'haplotips entre els dos grups d'estudi (p=0.002, 500 permutacions, Phase), però no en la distribució al.lèlica o genotípica de les variants individuals. El LD entre parelles d'SNPs va tenir valors D' superiors a 0.8 en en ambdós grups. A excepció de la variant N502S per la qual es van observar valors de D' baixos (entre 0.17 i 0.72) solsament en el grup de malalts. Es va descartar que l'associació observada es pogués explicar per una estratificació genètica per estudi de 25 marcadors no lligats. Malgrat no es va trobar una correlació directa entre cap dels al.lels o haplotips de la regió DDR1 i l'esquizofrènia, no es pot excloure la presència d'altres variants en DDR1 o regions flanquejants podrien tenir un paper en l'etiologia l'esquizofrènia.<br/>En el tercer estudi, es va avaluar un nou mètode de genotipació d'SNPs per combinació del sistema eTag amb la tècnica Invader®. Un total de 10 SNPs es van analitzar simultàniament en 540 mostres i i els resultats es van comparar amb els obtinguts mitjançant el mètode PCR-RFLP. La concordança entre ambdós mètodes va ser del 100%. Aquest és el primer treball on es demostra que el mètode anomenat eTag Multiplex Invader SNP Assay és una aproximació vàlida per la genotipació simultània d'SNPs.

The aim with this thesis has been to assess the association between the DDR1 gene and schizophrenia and the necessary tools to identify and score SNPs.<br/>In the first study, a mutational screening of the coding and exon-intron sequences of DDR1 was performed in 100 samples of schizophrenic patients using the sequencing approach of pooled DNA. A total of 17 genetic variants were identified: 16 SNPs and a deletion of 2 bp.<br/>In the second study, a population association and linkage disequilibrium (LD) analyses were carried out on 297 patients and 298 controls of Spanish origin for 5 SNPs within DDR1 region. Significant differences were observed between the haplotype distribution between patients and controls (p=0.002, 500 permutations, Phase). No significant differences were observed in allele and genotype frequencies between groups of study. In addition, pair-wise LD showed that all five SNPs were highly linked with D' values higher than 0.8, except for the N502S variant in the patient group (D' values ranging from 0.17 to 0.72). The potential for population stratification artifact was evaluted by genotyping a set of 25 unlinked markers. Formal testing showed that population structure did not explain the findings. Although no direct correlation was found between<br/>the allelic combinations and schizophrenia, it can not be ruled out that other genetic variants in DDR1 or flanking regions could be involved in the disease.<br/>In the third study, a new approach for multiplex SNP analysis combining the eTag System with the Invader® method was evaluated. A total of 10 SNPs were analyzed in 540 samples using both the eTag Multiplex Invader Assay and the conventional assay PCR-RFLP to measure genotyping accuracy and reproducibility. The typing concordance between both methods was 100%. This is the first study that demonstrates that the method eTag Multiplex Invader SNP Assay is a valid approach for SNP scoring.