Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks

Abstract

L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots els processos que controlen la vida i la salut dels organismes. El treball principal de la tesis es centra en l'anàlisi de les dades bibliòmiques desenvolupant-se dues eines, Biblio-MetReS per la reconstrucció de xarxes de PPIs i la identificació dels processos en què intervenen aquestes xarxes, i CheNER per la identificació de noms de compostos químics. L'eina final desenvolupada es centra en la integració de mètodes per a l'anàlisi estructural i modelització de proteïnes amb mètodes d'acoblament per a la predicció de complexos físics de proteïna-proteïna.

El objetivo de esta tesis es desarrollar e implementar un conjunto de herramientas de minería de datos para ayudar en la reconstrucción de circuitos biológicos a través del análisis y la integración de grandes conjuntos de datos biológicos. Estos circuitos son importantes porque regulan todos los procesos que controlan la vida y la salud de los organismos. El trabajo principal de la tesis se centra en el análisis de los datos bibliómicos, desarrollándose con este fin dos herramientas diferentes, Biblio-MetReS para la reconstrucción de redes PPIs y la identificación de los procesos en que intervienen estas redes, y CheNER para la identificación de nombres de compuestos químicos. La herramienta final que he desarrollado se centra en la integración de métodos para el análisis estructural y modelado de proteínas con métodos de acoplamiento para la predicción de complejos físicos de proteína-proteína.

The aim of this thesis is the development and implementation of a set of data mining tools to aid in the reconstruction of biological circuits through analysis and integration of large biological datasets. These circuits are important because they regulate and maintain life and health in organisms. The main part of the thesis is focused on analyzing bibliomic data for which I develop two tools, Biblio-MetReS for the reconstruction of PPIs networks and to identify the processes in which the networks are involved, and CheNER for the identification of chemical compounds names. The final tool developed focuses on the integration of methods for structural analysis and modeling of proteins with docking methods for prediction of native protein-protein physical complexes.