Optimización de métodos para el estudio del riesgo asociado a la contaminación fecal del agua y alimentos: cuantificación de patógenos y del riesgo de infecciones virales y análisis metagenómico de virus asociados a hepatitis

Abstract

El agua es esencial para el sostenimiento de la vida en la tierra, por lo tanto, la calidad debe ser controlada para garantizar su uso de forma segura. Los objetivos planteados en esta tesis están orientados a la optimización de métodos para el estudio del riesgo asociado a la contaminación fecal del agua y alimentos. Este trabajo se dividen en tres secciones: La primera parte busca mejorar las herramientas para cuantificar de una manera más precisa los patógenos y el riesgo microbiológico que tiene el consumo de agua contaminada. En la segunda parte se estima el riesgo microbiológico de la utilización de agua regenerada para el riego de vegetales. En la última parte estudiamos pacientes con hepatitis aguda de etiología desconocida para la valoración de virus emergentes o virus nuevos de posible transmisión fecal-oral como posibles causantes de hepatitis. Los objetivos desarrollados en la presente tesis doctoral han dado lugar a una serie de resultados publicados o en proceso de publicación, las principales conclusiones de estos trabajos fueron: (a) El método SMF pudo ser utilizado eficientemente para concentrar simultáneamente los virus, bacterias y protozoos y se desarrolló un método para estimar la concentración real usando la cuantificaciones obtenidas por q(RT)PCR y la predicción de intervalos al 95% mediante “bootstrap” de las recuperaciones; (b) ninguna de los dos planta evaluadas fueron capaces de superar el umbral de <1.00E-6 DALYs pppy considerado como aceptable por la WHO para irrigar vegetales con agua regenerada y (c) la técnica de secuenciación masiva aplicada en esta tesis permitió detectar una gran variedad de secuencias de especies virales en pacientes con hepatitis y las principales familias identificadas fueron Anelloviridae, Caliciviridae y Astroviridae, todas estas relacionadas con transmisión fecal-oral.