Deep sequencing approaches to investigate the dynamics and evolution of interaction networks of Candida pathogens and the human host

Abstract

This thesis describes the application of Next Generation Sequencing, especially RNA sequencing, on the investigation of the pathogenic yeast Candida parapsilosis. Pathogenic yeasts of the Candida clade are one of the most common hospital derived infections, often with a fatal outcome. We applied modern tools in RNA sequencing based transcriptomics to investigate the unknown, noncoding part of the yeasts transcriptome. The investigation led to a potential noncoding RNA with an important impact on the ability of the yeast to tolerate physiological temperatures and therefore colonize humans. Additionally, using modern transcriptomics, we developed a pipeline that classifies and quantifies allelic expression regulation with limited parental information. The pipeline is specifically designed for the analysis of nonmodel species. Lastly, in the scope of the thesis, conclusions on the pathogen responses of a human cell line were analyzed and described to evaluate its potential as model system.

Aquesta tesi descriu l'aplicació de Next Generation Sequencing, concretament en seqüenciació de RNA, en la investigació del llevat patogen Candida parapsilosis. Els llevats patògens del clade Candida són els que causen les infeccions més comunes en hospitals, amb un resultat potencialment fatal. Aplicant eines basades en transcriptòmica de RNA no codificant per investigar la part desconeguda d'aquests llevats, hem descobert una seqüencia de RNA no codificant amb un impacte important en la capacitat del llevat per tolerar temperatures fisiològiques i per tant colonitzar els éssers humans. A més, utilitzant la transcriptòmica, hem desenvolupat un programari que classifica i quantifica la regulació de l'expressió al.lèlica i la informació parental limitada. Aquest programari està dissenyat específicament per l'anàlisi d'espècies no-models. Finalment, també es van analitzar les res-postes dels patògens en una línia cel.lular humana i es va avaluar el seu potencial com a sistema model.