dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.contributor.author
Nadimpalli, Hima Priyanka
dc.date.accessioned
2019-01-14T16:54:38Z
dc.date.available
2020-12-11T08:00:09Z
dc.date.issued
2017-12-11
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/664810
dc.description.abstract
Cytoplasmic polyadenylation is a widespread mechanism to control
mRNA translation. In vertebrates, this mechanism requires two
sequence elements in the 3’ UTR of substrate mRNAs, the U-rich
Cytoplasmic Polyadenylation Element (CPE) and the AAUAAA
polyadenylation hexanucleotide (HN). In Drosophila early embryos,
the cytoplasmic polyadenylation of Toll mRNA occurs
independently of these elements, and requires Dicer-2, a factor
previously known for its functions in RNA interference (RNAi), in
addition to the poly(A) polymerase Wispy.
To understand this novel function of Dicer-2 in cytoplasmic
polyadenylation and translation, we aimed to dissect the required cisacting
requirements in Toll mRNA, and to identify Dicer-2 protein
partners and mRNA targets. We found that multiple signals in the 3’
UTR of Toll cooperate for polyadenylation, and that in early embryos
the non-canonical signals dominate, probably due to the presence of
inhibitory elements for canonical polyadenylation. Interactome
analysis using affinity purification of Dicer-2 and mass spectrometry
revealed that Dicer-2 interacts with multiple proteins outside the
RNAi pathway. Importantly, proteins involved in poly(A) tailmediated
translational regulation and PABP binding were identified,
suggesting potential co-factors of Dicer-2 in polyadenylation.
Furthermore, RIP-Seq analysis of Dicer-2 revealed enrichment of
mRNAs which were previously found downregulated in wispy
mutants. These results suggest that the role of Dicer-2 in cytoplasmic
viii
polyadenylation might be widespread, and provide the basis for
future investigation.
dc.description.abstract
La poliadenilación citoplasmática es un mecanismo de control de la
traducción extendido a lo largo de la escala animal. En vertebrados,
este mecanismo requiere dos secuencias en el extremo 3’ no
traducido (UTR) del mRNA, el elemento de poliadenilación
citoplasmática rico en uridinas (CPE) y el hexanucleótido de
poliadenilación AAUAAA (HN). En embriones tempranos de
Drosophila, la poliadenilación de Toll, sin embargo, ocurre
independientemente de estas secuencias, y requiere al menos dos
factores: Dicer-2, una proteína previamente implicada en
interferencia de RNA (RNAi), y la poly(A) polimerasa Wispy.
Para entender esta nueva función de Dicer-2 en poliadenilación
citoplasmática y traducción, nos propusimos diseccionar los
elementos en el extremo 3’ UTR de Toll relevantes para este
mecanismo de poliadenilación no canónica, así como identificar
proteínas y mRNAs que interaccionan con Dicer-2 a gran escala.
Nuestros resultados indican que el extremo 3’ UTR de Toll contiene
varias secuencias implicadas en poliadenilación, y que el mecanismo
no canónico es dominante en embriones tempranos, probablemente
porque los elementos canónicos (CPE y HN) se encuentran
activamente reprimidos. El estudio del interactoma de Dicer-2,
realizado por purificación por afinidad e identificación por
espectrometría de masas, reveló numerosas proteínas que no están
implicadas en RNAi. Entre ellas, encontramos factores previamente
relacionados con control de la longitud del poly(A) o con interacción
con PABP y traducción, sugiriendo que estos factores podrían actuar
x
como co-factores de Dicer-2 en poliadenilación citoplasmática.
Análisis de mRNA targets mediante RIP-Seq reveló multiples
tránscritos que previamente fueron identificados como targets de
Wispy. Estos resultados sugieren una función extendida de Dicer-2
en poliadenilación citoplasmática, y establecen una base sólida para investigaciones futuras.
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
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dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Cytoplasmic polyadenylation
dc.subject
Drosophila Dicer-2
dc.subject
RNA binding proteins
dc.subject
Poliadenilación citoplasmática
dc.subject
Proteínas de unión a ARN
dc.title
Insights into cytoplasmatic polyadenylation mediated by Drosophila Dicer-2
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.contributor.authoremail
himapriyanka.nadimpalli@crg.eu
dc.contributor.director
Gebauer, Fátima
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina