Functional impact of frequent cancer mutations in the splicing regulatory protein RBM10 and discovery of cancer relevant targets

Abstract

The splicing regulatory protein RBM10 is frequently mutated in bladder carcinomas. Analysis of RNA sequencing data of 476 bladder tumours (UROMOL) identified 469 alternative splicing (AS) events associated with RBM10 mutations. Knock-down of RBM10 in various in bladder cancer cell lines and work in human-derived bladder organoids harbouring mutations in RBM10 confirmed the regulation of these events by RBM10. The effects of modulating a subset of AS events in bladder cancer cell lines, using splice site-switching Antisense Oligonucleotides (ASOs), point to their potential contributions to cancer progression. Cancer-associated alterations in RBM10 include both truncating and missense mutations. Molecular modelling, biochemical studies and evolutionary conservation argue for a key role of the second Zinc-finger domain in RBM10-mediated regulation in bladder cancer. Taken together, our results illustrate how the analysis of cancer-associated mutations can shed light on AS regulatory circuits and mechanisms of cancer progression.

La proteína reguladora del spliceosoma, RBM10, está frecuentemente mutada en los tumores de vejiga. El análisis de datos de secuenciación de RNA correspondientes a 476 tumores de vejiga del proyecto UROMOL nos ha permitido identificar 469 eventos de splicing alternativo asociados con mutaciones de RBM10. Hemos confirmado esta asociación mediante el estudio de líneas celulares de vejiga en los que hemos deplecionado RBM10 y de organoides de vejiga derivados de pacientes con mutaciones en RBM10. Los efectos de modular los eventos de splicing alternativo con oligonucleótidos antisentido revelan sus posibles contribuciones a la progresión del cáncer. Las alteraciones asociadas al cáncer incluyen mutaciones que producen una proteína truncada y otras que producen un cambio de aminoácido. Nuestros resultados utilizando modelado molecular, estudios bioquímicos y conservación evolutiva indican que el segundo dominio zinc-finger de RBM10 tiene un papel especialmente relevante en la regulación del cáncer de vejiga. En su conjunto, nuestros resultados ilustran cómo el análisis de mutaciones asociadas al cáncer pueden contribuir a entender circuitos reguladores del splicing alternativo y mecanismos de progresión del cáncer