dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.contributor.author
Mitsi, Konstantina
dc.date.accessioned
2021-06-02T16:45:39Z
dc.date.available
2023-05-28T22:45:38Z
dc.date.issued
2021-05-28
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/671809
dc.description.abstract
Los organismos eucariotas abarcan una diversidad inmensa de formas, tamaños y estilos
de vida. Sin embargo, abordar la verdadera amplitud de esa diversidad es una tarea
laboriosa. Durante las últimas decadas, los estudios de biodiversidad han experimentado un
progreso importante gracias a la incorporación de técnicas basadas en la secuenciación del
ADN. Esta tesis es una composición de tres proyectos independientes donde estas técnicas
se aplican con el objetivo de ampliar nuestro conocimiento de la biodiversidad eucariota. En
el primer proyecto, obtenemos el genoma nuclear y el genoma mitocondrial de un parásito a
partir de un metagenoma eucariota. Definimos la posición filogenética de este nuevo
organismo que se posiciona junto con Filasterea, un grupo de organismos unicelulares que
está estrechamente relacionado con los animales y es clave para estudiar la transición a la
multicelularidad animal. El análisis del contenido génico muestra que el nuevo organismo
posee un genoma reducido en comparación con los otros Filasterea. A pesar de eso, su
genoma codifica un flagelo completo y muchas proteínas que están relacionadas con la
multicelularidad en los animales. En el segundo proyecto, buscamos diversidad molecular
no descrita dentro de los platelmintos, uno de los filos animales más diversos e importantes
desde un punto de vista biomédico. Con este fin, analizamos datos globales de
metabarcoding del gen 18S del ADN ribosomal procedentes de hábitats marinos y de agua
dulce. Nuestros resultados muestran que gran parte de la diversidad molecular de los
platelmintos sigue sin estar documentada e identifican los habitats de agua dulce como
puntos donde buscar nuevas especies de platelmintos. Por último, en el tercer proyecto,
investigamos la novedad a nivel molecular, la composición taxonómica y la estructura de la
comunidad eucariota del lago Sanabria, un lago oligotrófico. Secuenciamos la región
hipervariable V4 del gen 18S del ADN ribosmal y demostramos cómo la elección de los
métodos analíticos (ASVs o OTUs) afectan los resultados y las conclusiones sacadas por un
estudio de biodiversida.. En conjunto, nuestros resultados amplían nuestra perspectiva de la
diversidad eucariota y mejoran nuestra comprensión de la distribución, la ecología, la
novedad molecular y los rasgos genómicos de los eucariotas.
en_US
dc.description.abstract
Eukaryotes encompass an unprecedented diversity of forms, sizes and lifestyles. However,
tackling the real breadth of that diversity is a challenging task. In the last decades, the
assessment of biodiversity has seen substantial progress due to the incorporation of
culture-independent techniques based on Next Generation DNA Sequencing. This thesis is a
composition of three independent projects that implement these techniques aiming to
expand our understanding of the extant eukaryotic biodiversity. In the first project, we obtain
the nuclear and mitochondrial genomes of Txikispora philomaios, an uncultured unicellular
parasite, using a metagenomic approach. We define the phylogenetic position of
T.philomaios that branches within Filasterea, a group of unicellular eukaryotes that is closely
related to animals and is key to elucidate the transition to animal multicellularity. Despite
T.philomaios possessing a reduced genome in comparison to other Filasterea, it has a
complete flagellar toolkit and its genome encodes many proteins that are related to
multicellularity in animals. In the second project, we seek undescribed molecular diversity
inside the phylum Platyhelminthes, one of the most diverse and biomedically important
animal phyla. To this end, we analyze global metabarcoding data of the 18S rDNA gene
from marine and freshwater habitats. Our results show that a large part of the molecular
diversity of Platyhelminthes remains undocumented and identify freshwater environments as
potential reservoirs for novel species of flatworms. Finally, in the third project, we investigate
the molecular novelty, the taxonomic composition and the structure of the eukaryotic
community in Sanabria Lake by sequencing the V4 hypervariable region of the 18S rDNA
gene. We show to which extent the choice of the analytical methods (ASVs or OTUs) affects
the final results and conclusions of a biodiversity survey. Altogether, our results broaden our
perspective of eukaryotic diversity and enhance our understanding of the distribution, the
ecology, the molecular novelty and the genomic traits of eukaryotes
en_US
dc.format.extent
309 p.
en_US
dc.format.mimetype
application/pdf
dc.language.iso
eng
en_US
dc.rights.license
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dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Metabarcoding
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dc.subject
Metagenomica
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dc.subject
Protistas
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dc.subject
Multicelularidad
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dc.subject
Biodiversidad
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dc.subject
Metagenomics
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dc.subject
Protists
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dc.subject
Multicellularity
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dc.subject
Biodiversity
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dc.title
Eukaryotic diversity through the lens of metabarcoding and metagenomics
en_US
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.contributor.authoremail
kcmitsi@gmail.com
en_US
dc.contributor.director
Ruiz Trillo, Iñaki
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina