Clustering of somatic mutations across cancer genomes

dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
dc.contributor.author
Arnedo Pac, Claudia Rosario
dc.date.accessioned
2023-01-10T13:25:22Z
dc.date.available
2023-01-10T13:25:22Z
dc.date.issued
2022-12-15
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/687381
dc.description.abstract
Sequencing of cancer genomes reveals the story of mutational events shaping the distribution of somatic mutations across the nucleotide sequence. A particular pattern of such distribution, mutational clustering, can inform about the genomic elements driving tumour development as well as localised mutational processes acting under neutrality. Herein, we developed OncodriveCLUSTL, a new method to identify coding and non-coding cancer drivers on any species based on clustering signals, which shows a good performance individually and in combination with others. Secondly, we have systematically analysed the mutational processes underlying the formation of passenger hotspots across cancer genomes. We found mutational signatures 1 and 17 had the highest propensity to form hotspots among common mutational processes and identified different factors playing a role in it. Still, a large part of hotspot propensity remained unexplained, highlighting the need for identifying the complete set of mutational processes underlying hotspots formation to accurately measure neutral mutagenesis.
ca
dc.description.abstract
Les seqüències dels genomes del càncer ens informen sobre els mecanismes responsables de la distribució de mutations somàtiques al llarg del genoma. Mitjançant les aglomeracions de mutacions somàtiques o “clustering”, podem detectar elements genòmics sota selecció positiva en càncer, anomenats “drivers”, així com processos mutacionals localitzats que actuen sota evolució neutral. En aquest treball hem desenvolupat OncodriveCLUSTL, un nou mètode basat clustering per identificar drivers codificants i no codificants al genoma humà i d’altres espècies, que mostra un bon rendiment individualment i en combinació amb altres. En segon lloc, hem dut a terme una anàlisi sistemàtica dels processos mutacionals que generen posicions amb mutacions recurrents o “hotspots”. Hem trobat que les firmes mutacionals 1 i 17 són les més propenses a formar hotspots i hem identificat diferents factors que hi juguen un paper. Tot i així, una gran part d’aquesta tendència encara no es pot explicar, fet que posa de manifest la necessitat d’identificar el conjunt complet de processos mutacionals responsables de la formació de hotspots per mesurar amb precisió la mutagènesi sota neutralitat.
ca
dc.format.extent
245 p.
ca
dc.language.iso
eng
ca
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
L'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
ca
dc.rights.uri
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
*
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Cancer genomics
ca
dc.subject
Somatic mutations
ca
dc.subject
Mutational processes
ca
dc.subject
Mutational clustering
ca
dc.subject
Mutational hotspots
ca
dc.subject
Genòmica del càncer
ca
dc.subject
Mutacions somàtiques
ca
dc.subject
Processos mutacionals
ca
dc.subject
Aglomeracions mutacionals
ca
dc.subject
Hotspots mutacionals
ca
dc.title
Clustering of somatic mutations across cancer genomes
ca
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
575
ca
dc.contributor.authoremail
claudiaarnedopac@gmail.com
ca
dc.contributor.director
López Bigas, Núria
dc.contributor.director
González Pérez, Abel
dc.embargo.terms
cap
ca
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/openAccess
dc.description.degree
Programa de doctorat en Biomedicina


Documentos

tcrap.pdf

224.9Mb PDF

Este ítem aparece en la(s) siguiente(s) colección(ones)