Conservation through the lens of population genomics: the case of Cuvier's gazelles and western gorillas

Autor/a

Alvarez Estapé, Marina ORCID

Director/a

Marquès i Bonet, Tomàs

Lizano González, Esther

Fecha de defensa

2023-04-20

Páginas

155 p.



Departamento/Instituto

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida

Programa de doctorado

Programa de doctorat en Biomedicina

Resumen

The field of genomics can be used to help in threatened species conservation by guiding conservation efforts. In this thesis we have studied Cuvier’s gazelles to compare the genetic diversity and inbreeding between the founders of a reintroduction -captive bred-, their first offspring, and a captive but unmanaged population. We did not find significant differences between the founders and their offspring, though we observed the unmanaged population to have lower diversity and higher inbreeding levels. Our results indicate that the captive breeding program is successful in maintaining genetic diversity when compared to an unmanaged population. Moreover, we created the first whole-genome dataset using single hair shafts from a wild and threatened species, specifically western gorillas. We focused on the Cross River gorilla subspecies, the least studied subspecies to date at the genome-wide level. We showed that Cross River gorillas have suffered from a more recent bottleneck and present high levels of inbreeding. Moreover, by assessing allele sharing among Cross River gorilla sites and subspecies, we were also able to detect past gene flow, although some sites seem to be more isolated. Taken together, our results on this gorilla subspecies highlight the importance of preserving connectivity corridors among populations.


El camp de la genòmica pot ser útil per ajudar a la conservació d’espècies en perill d’extinció guiant-ne els esforços. En aquesta tesi hem estudiat les gaseles de l’Atles (Gazella cuvieri) per comparar la diversitat genètica i la consanguinitat entre els fundadors d'una reintroducció -criats en captivitat-, la seva primera descendència, i una població captiva però no gestionada. No vam trobar diferències significatives entre els fundadors i la seva descendència, tot i que vam observar que la població no gestionada tenia una diversitat genètica més baixa i uns nivells de consanguinitat més alts. Els nostres resultats indiquen que el programa de cria en captivitat té èxit a l'hora de mantenir la diversitat genètica, quan el comparem amb una població no gestionada. També hem creat el primer conjunt de dades del genoma sencer utilitzant mostres de el cabell de goril·les occidentals, una espècie salvatge i en perill d’extinció. Ens vam centrar en la subespècie de goril·la Cross River, la menys estudiada fins ara a nivell genòmic. Hem demostrat que aquets goril·les han patit un coll d'ampolla recent i que presenten nivells elevats de consanguinitat. A més, en avaluar la compartició d'al·lels entre les poblacions de Cross River i entre les subespècies de goril·les, hem detectat senyals de d’intercanvi genètic, tot i que algunes poblacions semblen estar més aïllades. En conjunt, els nostres resultats sobre goril·les Cross River posen de manifest la importància de preservar els corredors de connectivitat entre poblacions.

Palabras clave

Conservation genomics; Population genomics; Threatened species; Whole genome sequencing; Non-invasive samples; Genòmica de la conservació; Genòmica de poblacions; Espècies en perill d’extinció; Seqüenciació total del genoma; Mostres no-invasives

Materias

575 - Genética general. Citogenética general. Inmunogenética. Evolución. Filogenia

Documentos

Este documento contiene ficheros embargados hasta el dia 20-04-2025

Derechos

ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.

Este ítem aparece en la(s) siguiente(s) colección(ones)