Charting the alternative splicing vulnerabilities of cancer

dc.contributor
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
dc.contributor.author
Anglada Girotto, Miquel
dc.date.accessioned
2025-03-14T15:52:32Z
dc.date.issued
2025-02-27
dc.identifier.uri
http://hdl.handle.net/10803/694009
dc.description.abstract
Cancer co-opts alternative splicing to select isoforms that promote disease initiation, progression, and persistence. Drugs targeting either cancer driver splicing factors or specific splicing events can hamper the disease. However, the systematic identification of splicing factors and the splicing events with cancer driver potential –and thus therapeutic potential–remains challenging. In this thesis, I develop computational methods to prioritize splicing factors and events of functional relevance to cancer. I create methods to chart the splicing programs underlying heterogeneous cancer samples, revealing their involvement in multiple cancer hallmarks. Additionally, I establish a statistical framework to identify potential cancer driver exons across the genome enlarging the list of potential cancer driver genes. This approach uncovers exons with therapeutic potential for treating glioblastoma in genes previously unexplored and identifies cancer-specific exon-exon splicing junctions that could drive cancer. Overall, this work provides tools to study the systemic regulation of alternative splicing in cancer and generates functionally relevant, testable hypotheses, to exploit cancer’s splicing vulnerabilities therapeutically.
ca
dc.description.abstract
El càncer segresta l'splicing (o empalmament) alternatiu per a seleccionar les isoformes que promouen la iniciació, progressió, i persistència de la malaltia. Els fàrmacs que modulen els factors d'splicing o esdeveniments d'splicing específics poden retardar l'avenç de la malaltia. Però, la identificació sistemàtica dels factors de splicing i dels esdeveniments de splicing amb potencial per a impulsar el càncer –i, per tant, amb potencial terapèutic– és encara complicada. En aquesta tesi, desenvolupo mètodes computacionals per a prioritzar els factors d'splicing i els esdeveniments d'splicing funcionalment rellevants per al càncer. Creo mètodes per a mapejar els programes d'splicing que fonamenten mostres de càncer heterogènies, els quals participen en múltiple característiques del càncer. A més, estableixo un marc estadístic per identificar exons amb potencial oncogènic al llarg del genoma, ampliant la llista de gens impulsors del càncer. Aquest mètode descobreix exons amb potencial terapèutic per al tractament del glioblastoma en gens fins ara inexplorats, i identifica unions d'splicing entre exons específiques del càncer que podrien ser impulsores del càncer. Aquest treball proporciona eines per estudiar la regulació sistèmica de l'splicing alternatiu en el càncer i genera hipòtesis funcionalment rellevants i testables per explotar terapèuticament els punts febles de l'splicing en el càncer.
ca
dc.format.extent
250 p.
ca
dc.language.iso
eng
ca
dc.publisher
Universitat Pompeu Fabra
dc.rights.license
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
ca
dc.source
TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
dc.subject
Cancer
ca
dc.subject
Alternative splicing
ca
dc.subject
Cancer driver gene
ca
dc.subject
Oncoexon
ca
dc.subject
Tumor suppressor exon
ca
dc.subject
Statistical modeling
ca
dc.subject
Computational systems biology
ca
dc.subject
Càncer
ca
dc.subject
Empalmament (o splicing) alternatiu
ca
dc.subject
Gen impulsor del càncer
ca
dc.subject
Oncoexó
ca
dc.subject
Exó supressor tumoral
ca
dc.subject
Modelatge estadístic
ca
dc.subject
Biologia de sistemes computacional
ca
dc.title
Charting the alternative splicing vulnerabilities of cancer
ca
dc.type
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
dc.type
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.subject.udc
616
ca
dc.contributor.authoremail
miquelangladagirotto@gmail.com
ca
dc.contributor.director
Serrano Pubull, Luis
dc.contributor.director
Miravet Verde, Samuel
dc.contributor.director
DiBartolo, Sarah
dc.embargo.terms
24 mesos
ca
dc.date.embargoEnd
2027-02-27T01:00:00Z
dc.rights.accessLevel
info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
dc.description.degree
Programa de Doctorat en Biomedicina
ca


Documents

This document contains embargoed files until 2027-02-27

This item appears in the following Collection(s)