Universitat Pompeu Fabra
Villà i Freixa, Jordi
2009-03-05
9788469248263
B.32296-2009
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
La preorganització electrostàtica del centre actiu s'ha postulat com el mecanisme genèric de l'acció dels enzims. Així, alguns residus "estratègics" es disposarien per catalitzar reaccions interaccionant en una forma més forta amb l'estat de transició, baixant d'aquesta manera el valor de l'energia dactivació g cat. S'ha proposat que aquesta preorientació electrostática s'hauria de poder mostrar analitzant l'estabilitat electrostàtica de residus individuals en el centre actiu.<br/>Ras es una proteïna essencial de senyalització i actúa com un interruptor cel.lular. Les característiques estructurals de Ras en el seu estat actiu (ON) són diferents de les que té a l'estat inactiu (OFF). En aquesta tesi es duu a terme una anàlisi exhaustiva de l'estabilitat dels residus del centre actiu deRas en l'estat actiu i inactiu.
The electrostatic preorganization of the active site has been put forward as the general framework of action of enzymes. Thus, enzymes would position "strategic" residues in such a way to be prepared to catalyze reactions by<br/>interacting in a stronger way with the transition state, in this way decreasing the activation energy g cat for the catalytic process. It has been proposed that<br/>such electrostatic preorientation should be shown by analyzing the electrostatic stability of individual residues in the active site.<br/>Ras protein is an essential signaling molecule and functions as a switch in the<br/>cell. The structural features of the Ras protein in its active state (ON state) are different than those in its inactive state (OFF state). In this thesis, an exhaustive analysis of the stability of residues in the active and inactive Ras active site is performed.
dinàmica; centre actiu; relacions d'estructura activitat; preorganització; reorganització; estat de transició; estat actiu; estabilitat electrostàtica; interacción proteïna-proteïna; test de ranks de Wilcoxon; P-loop; G1 motif; HVR; metastability; RMSD; substrate assisted catalysis; sequence alignment; beta sheet; helix; Z-test; wilcoxon rank test; protein-protein interactions; electrostatic stability; active state; dynamics; signal transduction; electrostatic stabilization; ras effectors; guanine exchange factor; GTPase-activating proteins; quantum mechanics/molecular; PDLD/S-LRA; X-ray crystallography; solvation energy; free energy perturbation; statistical analysis; GTP hydrolysis; guanosine diphosphate; guanosine triphosphate; computer simulation; thermodynamics; protein conformation; electrostatics; interruptor II; interruptor I; llaç P; motiu G1; HVR (regions altament variables); metaestabilita; RMSD; catàlisi assistida pel substrat; aliniament de seqüència; fulla beta; hèlix; test Z; transducció del senyal; estabilització electrostàtica; efectors de ras; factor de bescamvi de guanina; proteïnes activadores de l'activitat; mecànica quàntica/mecànica; PDLD/S-LRA; cristalografia de raigs X; energia de solvatació; perturbació de l'energia lliure; anàlisi estadística; hidròlisi de GTP; difosfat de guanosina; trifosfat de guanosina; simulació computacional; termodinàmica; conformació proteïca; electrostàtica; switch-I; switch-II
537 - Electricity. Magnetism. Electromagnetism; 576 - Cellular and subcellular biology. Cytology
ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
