Universitat Pompeu Fabra
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
Polycomb repressive complexes (PRC1/2) are key chromatin regulators in development. Their deregulation is implicated in various cancers including leukaemia. Meanwhile, MLL-rearrangements by chromosomal translocations and the resulting fusion proteins as MLL-AF9 are a known cause of leukaemia. Recent re-search show an interplay between PRC1/2 and MLL-AF9 during leukemogenesis. This raises the question of a potential role in embryonic development as well. However, conventional chromatin immunoprecipitation (ChIP) is not suited to ex-amine non-histone proteins in fewer than millions of cells and still has a high background signal. Recent alternatives as CUT&RUN and CUT&Tag show limitations as well, despite a promising, targeted approach. Here, an improved CUT&Tag protocol has been developed and validated for the examination of PRC1/2 in low cell numbers. Moreover, it has been used to examine MLL-AF9 activity during differentiation of mouse embryonic stem cells into embryoid bodies, and implications for PRC1/2 executing their silencing activity on key genes.
Los complejos represivos Polycomb (PCR1/2) son reguladores clave de la cromatina durante el desarrollo cuya desregulación está implicada en varios tipos de cáncer incluyendo leucemia. En MLL, algunas de las causas conocidas son los reordenamientos cromosómicos debido a translaciones y la generación de proteínas resultantes de fusión, como MLL-AF9. Estudios recientes han demostrado la relación entre PCR1/2 y MLL-AF9 durante leucemogénesis lo cual apunta al desarrollo embrionario como un factor importante. Sin embargo, la inmunoprecipitación de cromatina convencional (ChIP) no es adecuada para el estudio de proteínas asociadas a la cromatina en experimentos con pocas células pues arriesga excesivo ruido de fondo. A pesar de su prometedor enfoque y especificidad, recientes alternativas como CUT&RUN y CUT&Tag todavía muestran limitaciones. Aquí, hemos desarrollado un protocolo mejorado de CUT&Tag validado para el estudio de PRC1/2 en pocas células. Además, hemos examinado la actividad de MLL-AF9 durante la diferenciación de células madre embrionarias de ratón en cuerpos embrionarios junto con cambios asociados a PRC1/2 en el silenciamiento de genes.
CUT&Tag; Polycomb; Differentiation; Translocation; Cancer; Policombo; Diferenciación; Translocación; Cáncer
576 - Cellular and subcellular biology. Cytology
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
