Universitat Pompeu Fabra
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Medicina i Ciències de la Vida
The eukaryotic protein landscape, although extensively studied, still harbors a vast array of uncharacterized functional proteoforms that limit our understanding of biological processes. This thesis explores three aspects: (1) the functional characterization of understudied proteins across the proteome using a next-generation covariation map; (2) a workflow for differentially identifying peptidoforms from bottom-up proteomics data, enabling the investigation of the proteoform landscape under various perturbations; and (3) the identification of a novel nuclear subcellular localization for Peroxiredoxin 1 (PRDX1) and its moonlighting role in chromatin during DNA damage recovery. This work puts the explored topics in the context of protein homeostasis, protein functions, modifications, and the challenges in investigating protein function.
El panorama de las proteínas eucariotas, aunque ampliamente estudiado, todavía alberga una amplia gama de proteoformas funcionales no caracterizadas que limitan nuestra comprensión de los procesos biológicos. Esta tesis explora tres aspectos: (1) la caracterización funcional de proteínas poco estudiadas en todo el proteoma utilizando un mapa de covariación de próxima generación; (2) un flujo de trabajo para identificar diferencialmente peptidoformas a partir de datos proteómicos bottom-up, lo que permite la investigación del panorama de proteoformas bajo diversas perturbaciones; y (3) la identificación de una nueva localización subcelular nuclear para la peroxiredoxina 1 (PRDX1) y su papel de pluriempleo en la cromatina durante la recuperación del DNA-damage. Este trabajo sitúa los temas explorados en el contexto de la homeostasis de las proteínas, las funciones de las proteínas, las modificaciones y los desafíos en la investigación de la función de las proteínas.
Proteoforms; Covariation; Protein function; Moonlighting; Peptidoforms; Proteoformas; Covariación; Función proteica; Pluriempleo; Peptidoformas
575 - General genetics. General cytogenetics. Immunogenetics. Evolution. Phylogeny
ADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
